10.03.1959 tarihinde Necip ve Ayten çiftinin iki çocuğundan biri olarak Ankara’da dünyaya geldi. Aslen Gümüşhane Köselidir.İlk, orta ve lise eğitimini Ankara’da tamamladı. Babasının araştırmalarına göre ailenin soy ağacı Akkoyunlu İmparatorluğu’na dayanmakta. Gümüşhane’de babadan kalan kiralık kum ocağı ilk işyeridir. Irmaktan kum çekip inşaatlara satar. Aygün ailesinin inşaatçılığı da buradan başlar. 1970’lerin başında ise askerî okul modası etkiler onu. Subay olmaya karar verir. Okul müdürüne askerî liseye başvuru formu götürdüğünde tepkiyle karşılanır: “Sen subay olma. Sana göre bir iş değil.” der öğretmeni. Ertesi gün nedenini öğrenmek için babasını takıp koluna okula gelmiş Sinan Aygün. Neden subay olamayacağını sorar müdüre: “Ben sende başka meziyetler görüyorum. Bence sen iyi bir ticaret adamı olursun.” cevabını alınca ticaret rotası çizilir Aygün’e. Ticaret hayatının en önemli harcını ortaokul müdürü atar böylece. Sadece üniversite mezunu olmak için sınavlara girerek Gazi Üniversitesi İngiliz Dili ve Edebiyatı Bölümü’nü bitirir.

Fakülte ikinci sınıfta Çankaya Hoşdere Caddesi’nde ilk dükkânı açar. Daha sonra Ulus Posta Caddesi’nde dükkân kiralar. Askerlik sonrası inşaatın kalbi Ulus Rüzgârlı Sokak’ta İşhanında 10 m2 bir dükkân kiralar. 1997’de yedek üyesi olduğu ATO’ya başkan seçilir. 82 yıllık oda tarihinde 3 seçimdir tek aday olarak yönetimi sürdürür. 11 yıldır başkanlığını yaptığı ATO, kısa sürede yapılan çalışmalarla medyanın ilgi odağı hâline gelir. Demokrat Parti (DP) siyasi serüveni kısa sürer. 2000’de Ankara’da krizden bunalan esnafı polis panzeri üstüne çıkıp durdurur. Temsilcilerini Başbakan Erdoğan’la görüştürdü ve adı ‘Yeltsin Sinan’ kaldı. Kredi kart faizlerinin düşürülmesi için kampanya başlattı. KKTC Cumhurbaşkanı Denktaş’a ATO Meclisi’nde konferans verdirdi. Hilafetin kaldırılışının 80. yıl dönümünde düzenlenen panelde Kuvvet Komutanları’nı ağırladı. Hürriyet’in işine son verdiği gazeteci Emin Çölaşan için evinin bahçesinde mangal partisi yaptı. Deniz Baykal ile olan muhabbeti, CHP’den adaylığa kadar uzandı lakin olmadı.

TOBB Ticaret Odaları Konsey Başkanlığı ve TOBB Genel Kurul Başkanlığı görevlerini de sürdürüyor. 1999’da Anadolu Basın Birliği tarafından Yılın Sanayici ve İşadamı, TÜSIAV tarafından Yılın İşadamı, Mevlana Özel Ödülü, 2000’de Akdeniz Gazeteciler Derneği (AGD) tarafından Yılın Adamı ödülü, 2001’de IZDER tarafından Yılın Sivil Toplum Örgütü Ödülü, 2001’de Yolsuzlukla Mücadele Derneği (YMD) tarafından Yılın Adamı Ödülü ve Hukukun Egemenliği Derneği tarafından Ayın Kişisi ödülüne layık görüldü. Ankara GÜDEF (Gümüşhane Dernekler Federasyonu) Onur Kurulu Üyesidir. 2011 Genel Seçimlerinde CHP Ankara Milletvekili olarak TBMM’ye girdi. Sinan Aygün evli ve iki çocuk babasıdır.