Metin Akagün, 18 Ocak 1940 tarihinde Gümüşhane’de, Eskicioğlu ailesinden Fahri Bey ile Karabeyoğlu ailesinden Münüre Hanım’ın oğlu olarak dünyaya gelmiştir. İlköğrenimini Gazipaşa İlkokulu’nda, ortaöğrenimini ise Gümüşhane Ortaokulu’nda (Yanan Okul) tamamlamıştır. 1953 yılında parasız yatılı olarak girdiği Trabzon Lisesi’nden 1956-1957 döneminde mezun olmuştur. İstanbul Üniversitesi Fen Fakültesi Fizik Bölümü’nden mezun olduktan sonra, 1964 yılında aynı üniversitenin Denel Fizik Kürsüsü’nde asistan olarak akademik kariyerine başlamıştır. Doktora ve doçentlik tezleri yurt dışında yayımlanmıştır. 1971 yılında askerlik görevini Deniz Yedek Subayı olarak Yassıada ve Heybeliada Deniz Harp Okulu’nda öğretim görevlisi olarak tamamlamıştır.
1973 yılında, Aydın Doğan’ın da aralarında bulunduğu bir grup ortakla birlikte kuşe kâğıdı fabrikası kurmak üzere teşvik belgesi almış; aynı ortaklarla petrol dağıtımı ve otomotiv bayiliği alanlarında ticari faaliyetlerde bulunmuştur. 1978 yılına kadar bu şirketlerde hem ortak hem de genel müdür olarak görev yapmıştır. Aynı ortaklarla birlikte Tekirdağ’da SASOSA Sebze ve Bitki Özleri Konsantre Fabrikası’nı kurmuş; Kelkit’te KESTAŞ Un Fabrikası ve Gümüşhane’de GÜDESAN Un Fabrikası’nın kurulması için teşvik belgeleri almıştır.
1978 yılında İzmit’te KİMSAN Kimya Maden Sanayi A.Ş.’yi kurarak boraks ve borik asit üretimi yapmak üzere Sanayi Bakanlığı’ndan teşvik belgesi almış; hammaddeyi ETİBANK Kırka Tesisleri’nden temin ederek üretim gerçekleştirmiştir. 1979 yılında ise endüstriyel kimyevi maddeler ithalatı ve satışı amacıyla aile şirketi olan MAKİMTAŞ Makina Kimya Sanayi ve Ticaret A.Ş.’yi kurmuş; bu şirket halen faaliyetini sürdürmektedir. 1956 yılından bu yana İstanbul’da ikamet etmektedir.
Sivil toplum kuruluşlarında da aktif rol alan Akagün, 1951 yılında kurulan Gümüşhane Kültür ve Yardımlaşma Derneği’nin 1962 yılında başkanlığını yapmış; 2007 yılından itibaren de bu görevini sürdürmektedir. Ayrıca, Türk Fizik Derneği ve Rotary Derneği üyesi olup, GÜSİAD (Gümüşhane Sanayici ve İşadamları Derneği) kurucu üyesidir ve kuruluşundan bu yana yönetim kurulu üyeliğini devam ettirmektedir.
Ailesine ait olan ve Gümüşhane’nin Süleymaniye Mahallesi’nde bulunan Akagün Konağı, Gümüşhane Valiliği İl Özel İdaresi aracılığıyla Gümüşhane Üniversitesi’ne 10 yıllığına tahsis edilmiştir. Bu konak, üniversitenin yönetim kurulu toplantıları ve etkinliklerinde kullanılmaktadır.
Ağabeyi Dr. Aytekin Akagün, kız kardeşleri emekli öğretmen Yıldız (Akagün) Kadirbeyoğlu ve merhume Gülyüz (Akagün) Uslu’dur. Emekli İngilizce öğretmeni Ferhande Hanım ile evli olan Metin Akagün’ün Banu isimli bir kızı vardır.
