1965 yılında Torul-Gümüşhane’de dünyaya geldi. İlk okulu Arpalı Köyünde, orta okulu Demirkapı’da ve lise öğrenimini Torul lisesinde tamamladı. 1987 yılında Atatürk Üniversitesi Ziraat Fakültesi, Tarım ürünleri Teknolojisi bölümünden mezun oldu. 1990 Yılında Yüzüncü Yıl Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü Gıda Bilimleri Anabilim Dalında Yüksek Lisansını tamamladı.

1990 yılında yurt dışında doktora yapma hakkını kazandı ve YÖK bursuyla Amerika Birleşik Devletleri’ne gitti. University of Georgia bünyesinde yabancı dil eğitimi aldı. Mississippi State Üniversitesinde doktorasını Eylül 1996 yılında tamamlayarak Türkiye’ye döndü. ABD dönüşünde Yüzüncü Yıl Üniversitesi Gıda Mühendisliği Bölümünde Dr. Araştırma Görevlisi olarak göreve başladı. Doçentlik sınavını başarıyla tamamlayarak 18.11.1999 tarihinde Gıda Mühendisliği, Gıda Bilimlerinde Doçent ünvanını aldı. 2007 yılında Süleyman Demirel Üniversitesi Gıda Mühendisliği Bölümünde Profesörlüğe atandı.

Yurt dışında çok sayıda sempozyum ve kongreye katıldı ayrıca değişik ülkelerde kısa süreli olarak üniversitelerde ziyaretlerde bulundu ve dersler verdi.

Danışmanlığında çok sayıda Yüksek Lisans ve Doktora öğrencisi lisans üstü tez çalışmalarını tamamlamıştır.

Süleyman Demirel Üniversitesi Mühendislik Fakültesi Gıda Mühendisliği Bölümü Gıda Bilimleri Anabilim Dalı Başkanlığı,

06.01.2009 tarihinde Iğdır Üniversitesi Rektör Yardımcılığına ve aynı tarih de Mühendislik Fakültesi Dekanlığına vekâleten atanmıştır. Bir buçuk yıl sonra bu görevlerden ayrılmış Süleyman Demirel Üniversitesine geri dönmüştür.

Iğdır Üniversitesi Mühendislik Fakültesi Gıda Mühendisliği Bölümü, Bölüm Başkanlığı,

Süleyman Demirel Üniversitesi Mühendislik ve Mimarlık Fakültesi Dekan vekilliği yapmıştır.

Süleyman Demirel Üniversitesi Mühendislik Fakültesi Dekanlığı görevini yapmıştır.

Üniversiteler Arası Kurul Üyeliği görevini yürütmüştür.

10.12.2010 tarihinde TÜBİTAK’ta Tarım Ormancılık ve Veterinerlik Araştırma Grubuna (TOVAG) bağlı Gıda Danışma Kurulu üyeliğine seçilmiş ve üç yıl bu görevde bulunmuştur.

2013 yılında TÜBİTAK’ta Tarım Ormancılık ve Veterinerlik Araştırma Grubuna (TOVAG) bağlı Yürütme Kurulu üyeliğine seçilmiş ve Mayıs 2017 tarihine kadar görev yapmıştır.

TÜBİTAK-ARDEB’de çağrılı projeler danışma kurulu üyeliği yapmış olup, ayrıca çok sayıda TÜBİTAK-TOVAG, TÜBİTAK-BİDEB ve TÜBİTAK-TEYDEB panellerine katılmış, panelist, moderatör, hakemlik, danışmanlık ve bazı projelerde izleyicilik görevleri yürürmüştür.

Ulusal ve uluslararası kurumlar tarafından desteklenen projelerde yürütücü, araştırmacı ve danışman olarak görev aldı.

Halen Süleyman Demirel Üniversitesi Mühendislik ve Doğa Bilimleri Fakültesi Gıda Mühendisliği Bölümünde görevine devam eden Küçüköner’in Gıda Bilimi ve Teknolojisi konusunda ulusal ve uluslararası 100’ ün üzerinde bilimsel yayını bulunmakta olup, halen bu konularda bilimsel araştırmaları ve çalışmaları devam etmektedir.

İyi derecede İngilizce bilen Prof. Dr. Erdoğan Küçüköner, evli ve üç çocuk babasıdır.